O protocolo estabelece que o ministério da educação vai fazer a recepção e o encaminhamento dos processos de candidatura à UBI. Já à universidade da Beira Interior cabe o papel de desenvolver actividades com o objectivo de criar oportunidades de formação superior em cursos de primeiro e segundo ciclo e também de mestrado integrado.
O acordo estabelece que os estudantes vão beneficiar, nos termos dos princípios de não discriminação, dos mesmos procedimentos de seriação e colocação que os alunos internacionais, comprometendo-se a UBI a acompanhar o desempenho académico dos estudantes da Guiné-Bissau, notificando, sempre que necessário e requerido pelo ministério, sobre qualquer ocorrência que considere relevante.
A UBI compromete se ainda a participar em acções e projectos de promoção do desenvolvimento da Guiné-Bissau, envolvendo os estudantes em estágios disponibilizados pelo gabinete de internacionalização e saídas profissionais e ainda a apoiar projectos de empreendedorismo, desenvolvimento empresarial, acções de consultadoria e desenvolvimento tecnológico em áreas de competência da instituição.