O conselho geral do IPCB é composto por 25 membros; 13 representantes dos professores e investigadores, quatro dos estudantes, um representante do pessoal não docente e sete personalidades externas.

De entre as principais competências do órgão, destaca-se a eleição do presidente do IPCB e, sob proposta deste, aprovar os planos estratégicos de médio prazo e o plano de acção para o quadriénio do mandato. A aprovação das linhas gerais de orientação do IPCB nos planos cientifico, pedagógico, financeiro e patrimonial são outras das atribuições.