Miguel Castelo Branco refere que "apesar de estar em curso um plano de equilíbrio financeiro o centro hospitalar está a atravessar sérias dificuldades económicas, que resulta do sub-financiamento verificado ao longo dos últimos anos e que este ano vai voltar a agravar o défice operacional da nossa instituição; infelizmente não fomos bafejados pela sorte de outros hospitais que, há alguns anos, foram elevados à condição de hospital central".

O presidente do conselho de administração do CHCB espera que o ministério da saúde seja sensível a esta pretensão e reveja os actuais contratos-programa "de outra forma nunca será possível resolver totalmente o passivo; agora não é compreensível que uma cirurgia ao apêndice tenha uma comparticipação superior no hospital de Évora do que no nosso centro hospitalar sendo que, no nosso caso, nunca foi tido em conta o facto de sermos uma unidade nuclear de apoio à faculdade de ciências da saúde da UBI ".

Na resposta, o presidente da ARS do Centro refere que o ministério da saúde está disponível para analisar a situação. No entanto José Tereso sublinha que "essa situação só pode ser analisada ao abrigo do polo de saúde para a Beira Interior onde, para além da revisão do contrato programa, pode ser feira a reclassificação dos hospitais".  

Em Novembro de 2011, quando abandonou a presidência do conselho de administração do CHCB, João Casteleiro garantia que em 5 anos o passivo tinha sido reduzido em 13 milhões de euros e que naquela data era de apenas 500 mil euros.